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Die Baumann-Gonser-Stiftung unterstützt ausgewählte Forschungsvorhaben, die sich mit den Bereichen Ernährungsstrategien, Qualität & Analytik, Technologie & Verpackung sowie Nachhaltigkeit & Umwelt auf dem Gebiet der Frucht- und Gemüsesäfte beschäftigen. In dem einmal jährlich stattfindenden Professoren-Treff werden hierzu der Forschungsbedarf der Industrie sowie Forschungsideen der Forschungsstellen diskutiert.

Die ausgewählten Forschungsvorhaben werden meist über den Forschungskreis der Ernährungsindustrie e. V. (FEI) in Kooperation mit der Arbeitsgemeinschaft industrieller Forschungsvereinigungen "Otto von Guericke" e. V. (AiF) im Rahmen der Industriellen Gemeinschaftsforschung (IGF) verwirklicht. Diese wird durch ein Förderprogramm des Bundesministeriums für Wirtschaft und Energie (BMWi) unterstützt, um insbesondere kleinen und mittelständischen Unternehmen (KMU) den Zugang zu praxisnahen Forschungsergebnissen zu ermöglichen und ihnen Impulse für Innovationen zu geben, die ohne Gemeinschaftsforschung nicht möglich wären, da in vielen Unternehmen Kapazitäten für eigene Forschungsaktivitäten fehlen.

Seit dem Jahr 2000 konnten 36 Forschungsprojekte initiiert werden (Stand: November 2019) mit Gesamtprojektkosten von rund 11 Millionen Euro, davon wurden ca. 90 % über die oben erwähnten Fördermittel aus der öffentlichen Hand finanziert sowie 10 % von der Industrie.