Die Baumann-Gonser-Stiftung unterstützt ausgewählte Forschungsvorhaben, die sich mit den Bereichen Ernährung & Gesundheit, Qualität & Analytik, Technologie & Prozesse sowie Nachhaltigkeit & Umwelt auf dem Gebiet der Frucht- und Gemüsesäfte beschäftigen. In dem einmal jährlich stattfindenden Professoren-Treff werden hierzu der Forschungsbedarf der Industrie sowie Forschungsideen der Forschungsstellen diskutiert.
Die ausgewählten Forschungsvorhaben werden überwiegend über den Forschungskreis der Ernährungsindustrie e. V. (FEI) im Rahmen der Industriellen Gemeinschaftsforschung (IGF) verwirklicht. Diese wird durch ein Förderprogramm des Bundesministeriums für Wirtschaft und Energie (BMWE) unterstützt, um insbesondere kleinen und mittelständischen Unternehmen (KMU) den Zugang zu praxisnahen Forschungsergebnissen zu ermöglichen und ihnen Impulse für Innovationen zu geben, die ohne Gemeinschaftsforschung nicht möglich wären, da in vielen Unternehmen Kapazitäten für eigene Forschungsaktivitäten fehlen.
Seit dem Jahr 2000 konnten 40 Forschungsprojekte initiiert werden (Stand: November 2025) mit Gesamtprojektkosten von rund 12,4 Millionen Euro (einschließlich ideeller Förderung: 50 Projekte mit Gesamtprojektkosten von rund 16,0 Mio. Euro). Finanziert werden die Projekte in der Regel zu ca. 90 % aus öffentlichen Fördermitteln sowie zu ca. 10 % durch die Industrie.